Kernel based method : SVM

พูดถึงในทาง bioinformatics ข้อมูลก็จะเป็น biological sequence ซึ่งก็คือ สายลำดับ DNA, RNA หรือ โปรตีนอะนะ
SVM (Support Vector Machine) เป็นอัลกอริธึ่มที่ใช้ฟังก์ชั่นเคอเนล ในการ classification จะใช้ kernel fucntion รูปแบบ k(Si,Sj) ทำตัวห้อยยังไงฟะ ฟังก์ชันเคอเนลจะคำนวณความเหมือนของซีเควนซ์ Si กับ Sj

เคอเนลที่ใช้ก็มีหลายแบบอีก ที่ใช้จัดการกับ biological sequence ก็จะเป็นพวก string kernel

ผลจากการ learning ของ SVM ก็คือค่า อัลฟ่า(α) กับค่าบี(b)

α คือ Weighted linear combination of kernel elements

b คือ bias

พอก่อน ไว้มาต่อ